La formation en CJA présente des caractéristiques spécifiques :

Un enseignement qui prend appui sur les nouveaux programmes et offre à partir de la première année une pré- professionnalisation progressive déclinée à partir de compétences identifiées de modules professionnels

Des enseignants qui conduisent en trois ou quatre années leurs élèves vers l’obtention d’un diplôme qualifiant de niveau 5, équivalent à un CAP polyvalent : le CFJA.

La formation  comprend un enseignement général (pour environ la moitié du volume hebdomadaire) dans des classes, et un enseignement professionnel en ateliers.

Dès l’entrée au CJA, les enseignants évaluent les élèves à l'aide du livret de 6e (évaluations nationales). Les résultats permettront de constituer des groupes de besoin. 

En 1ère Année de formation, les  enseignants sont chargés d'une remise à niveau des compétences de base (Lire, dire, écrire et compter).

En fin de troisième année, les élèves doivent avoir acquis dans les domaines généraux et professionnels des compétences leur permettant d’accéder dans de bonnes conditions au Certificat de Formation des Jeunes Adolescents (CFJA) partie principale.

La formation au CJA est validée, à l’issue des quatre années, par le CFJA partie avancée.

Parallèlement au CFJA, les élèves sont préparés à d'autres examens : C.F.G. (Certificat de Formation Générale ; C.E.P.E. (Certificat d'Etudes Primaires et Elémentaires) ; A.S.S.R. (Attestation Scolaire de Sécurité Routière).